قال الأردبيلي في جامعه الجزء ١، باب الراء: «رفيع الدين محمد بن حيدر الحسيني الحسني الطباطبائي النائيني: فريد عصره ووحيد دهره قدوة المحققين سيد الحكماء المتألهين برهان أعاظم المتكلمين، وأمره في جلالة قدره وعظم شأنه وسمو رتبته وتبحره في العلوم العقلية ودقة نظره وإصابة رأيه وحدسه وثقته وأمانته وعدالته أشهر من أن يذكر وفوق ما يحوم حوله العبارة، أخذ الأخبار من الأفضل والأكمل والأورع الأزكى مولانا عبد الله التستري ((قدس سره) ).
له مصنفات جيدة، منها: حاشية على المختلف للإمام الأفضل الأكمل العلامة ((قدس الله روحه) )، وحاشية على أصول الكافي، وحاشية على شرح الإشارات، وحاشية على شرح مختصر الأصول، وحاشية على الصحيفة الكاملة، وله رسائل منها: رسالة شبهة الاستلزام، ورسالة التشكيك، ورسالة موسومة بالشجرة الإلهية، وأخرى موسومة بالثمرة الإلهية، وغيرها.
توفي (رحمه الله) تعالى في شهر شوال سنة ١٠٧٩ رضي الله عنه وأرضاه».