قال الشيخ الحر في تذكرة المتبحرين (٢٧٦): «المولى الأجل الحسين بن جمال الدين، محمد الخوانساري: فاضل، عالم، حكيم، متكلم، محقق، مدقق، ثقة ثقة، جليل القدر، عظيم الشأن، علامة العلماء، فريد العصر، له مؤلفات، منهاشرح الدروس حسن لم يتم، وعدة كتب في الكلام والحكمة، وترجمة القرآن الكريم، وترجمة الصحيفة، وغير ذلك، من المعاصرين أطال الله بقاءه، نروي عنه إجازة وقد ذكره السيد علي بن ميرزا أحمد، في سلافة العصر في محاسن أعيان العصر، وأثنى عليه ثناء بليغا».

وقال الأردبيلي في جامعه: «ولد في شهر ذي القعدة سنة ١٠١٦، ومات غرة رجب سنة ١٠٩٨- رضي الله عنه وأرضاه-».